v1
применению partclone при создании образа зашифрованного LUKS диска
https://www.errietta.me/blog/luks-clonezilla/
community/partclone 0.3.12-1 (439.2 KiB 1.9 MiB) (установлено)
    Utilities to save and restore used blocks on a partition
Как пример - есть флэшка 16G (занято чуть больше 2G), отформатирована в fat32 - клонирую
sudo partclone.vfat -c -d -s /dev/sdb1 -o sdb1_16.img

v2
если ext4 видится именно как ext4, то e2image.

v3
Clonezilla